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在一般的儲存條件下，雙 (叔丁基二甲基硅基)- 反式 - 鈣泊三醇具有較好的化學穩定性。硅基保護基團能夠抵御一些常見的化學試劑和環境因素的影響，使分子在一定時間內不易發生分解或變質反應。然而，在特定的條件下，如在強酸性或強堿性環境中，硅基保護基團可能會發生水解或脫保護反應，從而改變分子的結構和性質。
對光的穩定性相對一般，由于雙(叔丁基二甲基硅基)-反式-鈣泊三醇分子中含有多個雙鍵結構，在光照條件下，尤其是紫外光照射時，可能會發生光化學反應，如雙鍵的異構化、光氧化等反應，導致分子結構的改變，因此，在儲存和使用過程中，通常需要避光保存，以確保其結構和性質的穩定性。